El parque Podocarpus tiene una cultura muy antigua que se remonta a la hoya de Loja y sus alrededores, estuvo habitada por indígenas Cuxibambas, Chucos, Motupes y Chinguilanchis, quienes delimitaban sus territorios. Luego de la conquista española los exploradores europeos sobreexplotaron los bosques de Chinchona o Cascarilla, de los cuales se producía un remedio para la malaria.

Durante los primeros años de la década de 1980, el parque empezó a ser visitado y colonizado por mineros, principalmente en el sector de San Luis. Esto trajo consigo la declaratoria como área protegida.